Preşedintele Traian Băsescu i-a trimis ministrului Justiţiei, Monica Macovei, cererea privind începerea procedurilor legale pentru urmărirea penală a ministrului Apărării, Teodor Atanasiu, în temeiul prevederilor art. 12, art. 16 alin. (1) şi art. 18 din Legea nr. 115/1999, privind responsabilitatea ministerială, cu modificările şi completările ulterioare. Conform unui comunicat al Administraţiei prezidenţiale, decizia şefului statului are la bază concluziile din raportul Comisiei speciale de la Cotroceni, care a analizat plîngerile penale împotriva ministrului liberal Teodor Atanasiu, formulate de consilierul prezidenţial Adriana Săftoiu şi de către deputatul PSD Eugen Bejinariu. Comisia specială consideră că nu există temeiuri pentru clasarea celor două plîngeri penale, fiind necesare aprofundarea şi corelarea susţinerilor din dosare cu alte probe şi cu declaraţiile altor persoane în vederea stabilirii nevinovăţiei sau a vinovăţiei ministrului. De asemenea, Comisia apreciază că "există indicii pe baza cărora este necesar ca organele în drept să efectueze cercetarea penală, potrivit dispoziţiilor legale, pentru a stabili dacă şi în ce condiţii Teodor Atanasiu se face vinovat de săvîrşirea vreunei infracţiuni, precum şi încadrarea juridică aplicabilă". În privinţa plîngerii formulate de consilierul prezidenţial Adriana Săftoiu referitoare la declaraţia lui Atanasiu conform căreia ministrul "are o întreagă direcţie de informaţii care îi spune ce pleacă de la doamna Săftoiu, de la Cotroceni, pe surse credibile din preajma palatului", Comisia specială a reţinut, pe baza documentelor aflate la dosare şi în urma verificărilor efectuate, că Atanasiu nu a dorit să răspundă de la ce direcţie din minister are astfel de informaţii şi cum au fost acestea obţinute. "În aceste condiţii, Comisia apreciază că sînt necesare investigaţii suplimentare pentru a se stabili dacă cele declarate de ministrul Atanasiu se confirmă". Totodată, Comisia a ajuns la concluzia că Direcţia de Informaţii a Apărării a efectuat, sub coordonarea directorului general adjunct al Direcţiei Generale de Informaţii a Apărării, acţiunile de lobby la care se referă deputatul PSD Eugen Bejinariu în plîngerea formulată. Comisia a reţinut că şi în acest sens sînt necesare investigaţii suplimentare de către organele abilitate în drept.

Raportul Comisiei speciale mai menţionează că cele două telegrame privind propunerea de retragere a trupelor române din Irak au fost trimise ataşaţilor militari români aflaţi în străinătate pe 29 iunie 2006, la ordinul lui Atanasiu. ªeful statului i-a trimis şi ministrului Apărării o scrisoare în care precizează că este de acord, în urma recomandării Comisiei Preşedinţiei, cu începerea urmării penale în cazul său. Ba mai mult, miercuri seară, cei doi s-au întîlnit, la Cotroceni, şeful statului prezentîndu-i liberalului elementele din raportul Comisiei speciale pe baza cărora a decis să ceară începerea urmăririi penale. Dacă s-a cerut urmărirea penală, şeful statului poate dispune suspendarea din funcţie a guvernanţilor. PNL a luat act de decizia preşedintelui Băsescu de a cere declanşarea urmăririi penale împotriva ministrului liberal al Apărării şi speră ca organele de anchetă să probeze nevinovăţia lui Atanasiu. Liberalii consideră că plîngerile formulate la adresa ministrului Apărării nu au substanţă şi nu sînt justificate. La rîndul său, Atanasiu apreciază că decizia preşedintelui de a cere declanşarea urmăririi penale în cazul său este una "raţională", solicitată de el încă de la început, întrucît nu doreşte să fie tratat preferenţial, ci ca un simplu cetăţean.