Raportul celei de-a doua expediţii comune de supraveghere a Dunării, la care au luat parte autorităţi din toate statele dunărene, arată că apele fluviului sînt mai curate decât în 2001, dar că mai este mult de lucru în această privinţă, potrivit Ministerului Mediului şi Dezvoltării Durabile (MMDD). Informaţiile obţinute în urma noii expediţii, cea precedentă avînd loc în 2001, atestă faptul că statele dunărene „cooperează activ pentru a reduce poluarea”, au arătat reprezetanţi ai MMDD. Pe anumite sectoare ale Dunării nu există niciun pericol pentru înotători, oamenii pot consuma peşte fără a-şi pune în pericol sănătatea, dar rămîn, totuşi, unele zone în care sînt necesare investigaţii suplimentare vizînd concentraţiile de mercur. Fluviul se confruntă însă şi cu poluare naturală, provenind de la anumite plante şi animale. Zonele inundabile din Delta Dunării au fost restaurate cu succes, dar aceste eforturi trebuie să continue, arată raportul realizat de Comisia Internaţională pentru Protecţia Fluviului Dunărea (ICPDR), citat în raportul MMDD. Cele mai afectate zone ale Dunării sînt cele în aval de marile oraşe şi de-a lungul unor afluenţi importanţi, “din cauza tratării precare a apelor uzate municipale”. Cercetătorii observă că trebuie înfiinţate cît mai curînd staţii de tratare a apelor uzate în bazinul Dunării, mai ales în Budapesta, Belgrad şi Bucureşti. Expediţia comună de supraveghere a Dunării “Joint Danube Survey - JDS-2” a început la 14 august 2007, din Regensburg, Germania şi a durat 46 de zile, încheindu-se la Tulcea. La expediţie au participat 18 specialişti (dintre care trei români) din cele 11 state dunărere, care s-au împărţit pe trei nave, pentru a obţine informaţii clare despre starea întregului fluviu şi ai afluenţilor acestuia. Cercetătorii au studiat fluviul prin prelevări a cinci tipuri de probe: apă, sedimente, probe biologice, suspensii solide şi moluşte. Astfel, ei au analizat mediul acvatic în conformitate cu normele UE, din punct de vedere biologic şi hidromorfologic. Afluenţii studiaţi şi incluşi în raport au fost Morava, Drava, Tisa, Sava, Velika Morava, Argeş, Olt, Iskar, Russenski Lom, Jantra şi Prut. Specialiştii de la Administraţia Naţională “Apele Române” au analizat, pentru prima dată, trei afluenţi ai Dunării (Argeş, Olt şi Prut).