Lăsată ani de-a rîndul la coada priorităţilor de către Ministerul Transporturilor, Compania CFR Infrastructură resimte din plin lipsa investiţiilor. Deşi pare sortită să nu mai recupreze niciodată decalajul faţă de ceea ce există în Europa Occidentală, podurile fiind depăşite tehnic, iar reţeaua feroviară pusă la pămînt de tot felul de dezastre, infrastructura continuă să funcţioneze mai mult din inerţie. Chiar dacă în urma aprobării bugetului de stat, compania va primi circa 1,2 miliarde de lei pe 2009, datoriile societăţii se ridică la peste 2 miliarde de lei! Reprezentanţii CFR Infrastructură susţin că cele mai mari debite sînt înregistrate pentru societăţile de energie electrică şi pentru filialele companiei, deşi societatea are, la rîndul său, de recuperat datorii de la CFR Călători, CFR Marfă şi operatorii privaţi Ferotrans, Sefer, Taf Bacău şi Transcombi. Pentru lucrări de reparaţii capitale şi investiţii, compania a primit de la bugetul de stat, în 2008, 225 milioane de lei, deşi ucrările de întreţinere şi reparaţii ale infrastructurii feroviare necesită aproape 2,26 miliarde lei. Totodată, pentru lucrări de întreţinere a infrastructurii feroviare, necesarul CFR SA este de 1,2 miliarde lei, iar cheltuielile din venituri proprii s-au ridicat, numai în 2008, la 250 milioane de lei. Reprezentanţii CFR Infrastructură mai spun că nivelul scăzut al veniturilor companiei se înregistrează din anul 2004 şi, pentru că infrastructura a fost subfinanţată constant, societatea a elaborat în 2008 două proiecte de ordonanţă de urgenţă, necesare pentru redresarea financiară şi ieşirea din impasul economic în care se află compania. Proiectele supuse aprobării vizau reglementarea unor măsuri financiare în domeniul transporturilor în anii 2008-2009, proiect prin care CFR SA propune capitalizarea companiei pentru achitarea datoriei în valoare de 987 milioane de lei către furnizorii de energie electrică şi a datoriei către bugetul general consolidat al statului, însă ele au fost respinse de Ministerul Finanţelor.