De la 1 ianuarie 2007, competenţa de administrare a contribuabililor nerezidenţi care nu au pe teritoriul României un sediu permanent revine, potrivit Codului de Procedură Fiscală, organului fiscal stabilit prin ordin al ministrului Finanţelor publice. Astfel, prin Ordinul ministrului Finanţelor nr. 2157/2006 au fost stabilite organele fiscale competente pentru administrarea diferitelor categorii de contribuabili nerezidenţi. Pentru contribuabilii nerezidenţi care îşi desemnează un reprezentant fiscal se administrează de organul fiscal competent pentru administrarea persoanei impozabile care are calitatea de reprezentant fiscal, în timp ce pentru contribuabilii nerezidenţi care au, un sediu fix în România, se administrează de organul fiscal în a cărui rază teritorială se află sediul fix. În cazul contribuabililor nerezidenţi stabiliţi în spaţiul comunitar care au, potrivit legilor speciale, dreptul de a se înregistra direct în România se administrează de serviciul de specialitate din cadrul Direcţiei Generale a Finanţelor Publice a municipiului Bucureşti. Totodată, pentru contribuabilii nerezidenţi care au obligaţia desemnării unui împuternicit se administrează de organul fiscal în raza căruia se face constatarea actului sau faptului supus dispoziţiilor legale fiscale.

În cazul veniturilor obţinute de persoane nerezidente din vînzarea - cesionarea titlurilor de participare, competenţa de administrare revine organului fiscal în a cărui rază teritorială se află instituţia prin intermediul căreia se face tranzacţia, iar în cazul tranzacţionării titlurilor de participare la societăţi deschise competenţa revine organului fiscal în a cărui rază teritorială se află societatea ale cărei titluri se tranzacţionează. Contribuabilii nestabiliţi în România, dar stabiliţi în spaţiul comunitar, care au obligaţia să se înregistreze în scopuri de TVA, trebuie să se adreseze serviciului de specialitate din cadrul DGFP Bucureşti. În vederea înregistrării în scopuri de TVA, contribuabilii nerezidenţi, stabiliţi în spaţiul comunitar, care au optat pentru înregistrarea directă, au obligaţia de a depune formularul (090) “Declaraţie de înregistrare fiscală-Declaraţie de menţiuni pentru contribuabilii nerezidenţi stabiliţi în spaţiul comunitar care se înregistrează direct“, la registratura organului fiscal competent sau la poştă, prin scrisoare recomandată. Formularul (090) va fi însoţit de o copie autentificată a certificatului de înregistrare eliberat de autoritatea fiscal din ţara în care este stabilit contribuabilul, precum şi de traducerea în limba română a acestuia, certificat de traducători autorizaţi. Comunicarea certificatului de înregistrare în scopuri de TVA se face fie la sediul organului fiscal competent, prin prezentarea contribuabilului sau a împuternicitului acestuia, fie prin poştă, prin scrisoare recomandată cu confirmare de primire. Numărul de înregistrare atribuit poate fi comunicat şi prin e-mail, la adresa indicată de contribuabil în cerere.