Principala problemă cu care se confruntă Curtea de Conturi este ineficienţa şi nu lupta politică pentru schimbarea conducerii. Consilieri din cadrul Curţii de Conturi spun că “dacă ar fi să întrebe firmele de activitatea Curţii de Conturi, niciuna nu va fi nemulţumită de noi. Sîntem acum în situaţia de a nu putea valorifica acte de control, pentru că nu mai avem jurisdicţie, şi nici rapoartele de audit, întrucît Legea nu a fost armonizată cu prevederile Constituţiei, ca să putem face audit. Acest lucru înseamnă că, orice am constata noi, nu se mai poate pune în practică, iar firmele sînt foarte fericite”. În Legea de organizare şi funcţionare a Curţii de Conturi din 1994 se arăta că acţiunile de control se finalizează în jurisdicţia proprie a Curţii de Conturi. În schimb, fără ca legea în sine să fie modificată, au fost emise două ordonanţe de urgenţă prin care procurorii şi judecătorii din jurisdicţia Curţii de Conturi sînt mutaţi la instanţele teritoriale ordinare (judecătorii, tribunale sau curţi de apel). În concluzie, se ridică jurisdicţia (adică se pierde controlul judecării cauzei). Curtea de Conturi funcţionează “ciopîrţită”, după o lege care o vede întreagă. Specialiştii spun că “orice instanţă care primeşte un act de control de la Curtea de Conturi pe o procedură de sesizare, la solicitarea unui avocat, îl desfiinţează pe formă, nici măcar nu mai apucă să se judece fondul problemei”. Cu alte cuvinte, controlorii întocmesc un proces-verbal, în care spun că s-a înregistrat un prejudiciu. El nu poate fi recuperat întrucît, în lipsa unor articole care să arate clar care este procedura în cazul în care Curtea nu mai are jurisdicţie, instanţa respinge judecarea cauzei, iar firma poate refuza ducerea la îndeplinire a recomandărilor Curţii. În plus, nimeni nu mai urmăreşte actele trimise la instanţe.
Ca să evite situaţia apărută în 2002, cînd mandatul unor consilieri a fost întrerupt, şi să garanteze independenţa acestora, noua Constituţie conţine un articol prin care se stabileşte că mandatul consilierilor de conturi trebuie să fie dus pînă la capăt şi are o durată de şase ani. Cum numirile s-au făcut în 2002, mandatul consilierilor, deci şi al celor juridici care, practic, şi-au pierdut obiectul de activitate odată cu pierderea jurisdicţiei, vor expira de-abia în 2008. Legea prin care se doreşte modificarea sistemului de organizare şi funcţionare a Curţii de Conturi se află la Senat din toamna trecută, deşi Comisia Europeană vrea legea adoptată. Voci autorizate au sugerat că nu este exclus ca Guvernul să îşi asume răspunderea pentru trecerea acestui proiect de lege. Şi preşedintele Curţii de Conturi, Dan Drosu Şaguna, este nemulţumit: “Am făcut un protocol cu Parchetul, prin care rapoartele sînt trimise direct acolo. Dar instanţele pot să judece cînd şi cum vor cazurile. În plus, noi nu avem asigurată reprezentarea”.