Fosta Republică Iugoslavă Macedonia (FYROM) a fost condamnată de Curtea Europeană a Drepturilor Omului (CEDO) la plata sumei de 60.000 de euro, despăgubiri morale unui german de origine libaneză, care a fost răpit la sfârşitul lui 2003, la Skopje, predat CIA şi supus unor rele tratamente, mai multe luni, în Afgabistan. Marea Cameră, instanţa supremă a CEDO, a stabilit definitiv că Guvernul macedonean este responsabil de acte de tortură, rele tratamente şi extrădarea în secret a lui Khaled El-Masri, în vârstă de 49 de ani, suspectat de legături cu medii teroriste. Judecătorii de la Strasbourg au stabilit în unanimitate că toate acestea au avut loc în urma încălcării interdicţiei aplicării torturii şi unor tratamente inumane şi degradante (articolul 3 al Convenţiei Europene pentru Drepturile Omului), a dreptului la libertate şi siguranţă (articolul 5), a dreptului la respectarea vieţii private şi de familie (articolul 8) şi a dreptului la un recurs eficient (articolul 13). Khaled El-Masri afirmă că a fost victima unei operaţiuni secrete de extrădare, în cursul căreia a fost arestat, izolat, interogat şi maltratat într-un hotel din Skopje, 23 de zile, iar ulterior a fost predat unor agenţi CIA, care l-ar fi condus într-un centru secret de detenţie, în Afganistan, unde ar fi fost supus altor rele tratamente, timp de peste patru luni. Judecătorii de la Strasbourg au apreciat că versiunea lui El-Masri se află dincolo de orice îndoială rezonabilă şi că Fosta Republică Iugoslavă a Macedoniei trebuie să fie considerată vinovată de acte de tortură şi rele tratamente comise asupra celui vizat, atât în ţară, cât şi după ce a fost transferat autorităţilor americane, în cadrul unei extrădări extrajudiciare.

Khaled El-Masri, care suferă de probleme psihice, nu a fost prezent la audiere. Potrivit avocaţilor săi, în prezent, acesta este deţinut în Germania, într-un caz de drept comun. Cazul său a fost discutat în cadrul unor anchete internaţionale privind acuzaţii de extrădare extraordinară în Europa şi implicarea unor state europene. În 2007, senatorul elveţian Dick Marty a conchis într-un raport pentru Consiliul Europei că acesta constituie un exemplu documentat de extrădare extrajudiciară şi că versiunea prezentată de Guvernul macedonean a devenit în mod incontestabil de nesusţinut. În 2010, un fost ministru macedonean a confirmat pentru CEDO că autorităţile din ţara sa, acţionând în virtutea unui mandat internaţional de arestare valabil emis de către autorităţile americane, l-au arestat pe Khaled El-Masri, după care l-au deţinut în secret, la Skopje. El a adăugat că cel vizat a fost predat ulterior, la 23 ianuarie 2004, unei echipe de extrădare CIA, pe aeroportul din Skopje şi că a părăsit teritoriul macedonean la bordul unui avion închiriat de CIA. Într-un final, Khaled El-Masri a fost eliberat şi adus din Afganistan către Germania, via Albania, la 29 mai 2004. Autorităţile americane au admis ulterior că a fost vorba despre o neînţelegere cu privire la acesta.