Ministerul Sănătăţii Publice vrea înfiinţarea cîte unui institut de boli infecţioase în Constanţa, Cluj, Iaşi, Târgu Mureş şi Braşov, iar Institutul de Boli Infecţioase \"Matei Balş\" va deveni Institutul Naţional de Boli Infecţioase şi va coordona spitalele şi secţiile de boli infecţioase din ţară. Aceste măsuri sînt prevăzute în Strategia Ministerului Sănătăţii pentru 2008-2010, publicată pe pagina de internet a instituţiei. Documentul precizează că înfiinţarea institutelor de boli infecţioase la Constanţa, Cluj, Iaşi se va face prin reorganizarea actualelor spitale de specialitate. Toate aceste institute vor fi în subordinea Ministerului Sănătăţii Publice şi vor coordona, din punct de vedere metodologic, spitalele şi secţiile de boli infecţioase din zonele arondate. La rîndul lor, aceste institute vor fi coordonate de Institutul Naţional de Boli Infecţioase Matei Balş.