Uciderea Sfântului Proroc Ioan Botezătorul este arătată în Evanghelia Sfântului Apostol și Evanghelist Marcu (Marcu 6, 17-29 ) așa cum s-a înfăptuit, din porunca regelui Irod Antipa. Irod Antipa era mustrat de Sfântul Proroc Ioan pentru legătura sa cu Irodiada, soția fratelui său Filip, zicându-i: "Nu-ți este îngăduit să ții pe femeia fratelui tău" (Marcu 6, 18). Pentru aceasta Sfântul Ioan a fost întemnițat în cetatea Sevastia, din Samaria. Când Irod și-a serbat ziua dând un ospăț demnitarilor săi, fata Irodiadei a intrat și a dansat, și a plăcut mult lui Irod și oaspeților lui: "Și fiica Irodiadei, intrând și jucând, a plăcut lui Irod și celor ce ședeau cu el la masă. Iar regele a zis fetei: Cere de la mine orice vei voi și îți voi da. Și s-a jurat ei: Orice vei cere de la mine îți voi da, până la jumătate din regatul meu" (Marcu, 6, 22-23). După ce s-a sfătuit cu mama ei, aceasta a cerut capul Sfântului Ioan Botezatorul pe tipsie. Regele s-a întristat, dar din pricina jurământului și pentru cei ce ședeau împreună cu el la masa a poruncit să fie tăiat capul Sfântului Ioan și adus Irodiadei. Tradiția spune că soldații au năvălit în temniță și i-au tăiat capul Sfântului Ioan pe când acesta se ruga. Trupul său a fost luat în taină de ucenici și îngropat, însă capul l-a îngropat Irodiada, în curtea sa, în pământ adânc, la un loc ascuns și necinstit. Despre fapta Irodiadei știa numai soția lui Huza, economul lui Irod. Soția demnitarului, Ioana, având multă durere pentru uciderea nevinovată a Sfântului Marelui Proroc Ioan, l-a luat de acolo noaptea, în taină, și, punându-l într-un vas de lut, l-a îngropat în muntele Eleonul, la Ierusalim. Aceasta e socotită cea dintâi aflare a sfântului cap. În acest loc a stat până în vremea Sfinților Mari Împărați Constantin și mama sa, Elena, când, prin doi monahi, cinstitul cap a ajuns la Emesa, în Siria, la un olar. De aici a trecut de la unul la altul, prin multe mâini, fiind lăsat de olar într-un vas cu apă care era pus într-un sicriu.

Trecând mulți ani, a fost descoperit la Emesa, îngropat într-o peșteră locuită de monahi, în jurul cărei se ridicase o mănăstire.

Capul Sfântului Proroc Ioan a fost găsit de arhimandritul acelei mănăstiri, Marcel, care l-a înștiințat de aceasta pe episcopul locului, Uranie. După dezgropare a fost așezat în sfântul altar al bisericii din cetate. Aceasta este cea de-a doua aflare a cinstitului cap al Botezătorului.