Ministerul Transporturilor a confirmat că zboruri CIA au tranzitat teritoriul portughez din iulie 2005 pînă în decembrie 2007, a declarat, vineri, deputatul comunist Jorge Machado, care afirmă că a primit o listă din partea Guvernului. Potrivit lui, acest document trimis Parlamentului arată că 56 de zboruri înspre şi dinspre baza americană Guantanamo au traversat Portugalia, dar precizează că în măsura în care aceste zboruri erau militare, nu au fost controlate. Această listă arată, de asemenea, că cinci avioane au făcut escală la baza militară Lajes în această perioadă. Baza Lajes, situată în arhipelagul Azore, funcţionează ca portavion pentru SUA în Atlantic de peste jumătate de secol.

Guvernul portughez a afirmat în repetate rînduri că anchetează folosirea spaţiului său aerian de către avioanele CIA, dar nu a găsit nicio dovadă de ilegalitate. “Mai întîi ni s-a spus că nu există niciun zbor. Acum ni se spune contrariul. Ar fi bine ca Guvernul să fie mai transparent. Guvernul nu ştie pentru că nu vrea să ştie. Singura concluzie posibilă este că Portugalia continuă să fie de acord în secret, activ sau prin omisiune”, a adăugat Jorge Machado. În februarie 2007, justiţia portugheză a deschis o anchetă în legătură cu un survol al teritoriului portughez de către avioane care transportau în secret deţinuţi, pentru CIA. Potrivit organizaţiei neguvernamentale britanice Repreive, 94 de zboruri CIA cu destinaţia sau venind de la Guantanamo au folosit spaţiul aerian portughez în perioada 2002-2006 şi peste 700 de deţinuţi au tranzitat ţara. Portugalia a respins permanent aceste concluzii.