Ministerul Eucaţiei, Cercetării şi Inovării (MECI) va putea da sancţiuni în cazul nerespectării obligaţiilor prevăzute în lege, pornind de la suspendarea rectorului, reducerea alocaţiilor bugetare, nerecunoaşterea diplomelor şi, poate iniţia un act normativ pentru desfiinţarea univeristăţilor. Potrivit proiectului Legii educaţiei naţionale, orice instituţie de învăţămînt superior, de stat sau privată trebuie să respecte legislaţia în vigoare, Carta universitară şi politicile naţionale în domeniul învăţămîntului superior. Totodată, trebuie să aplice procedurile de asigurare a calităţii, să respecte politicile de echitate şi etică universitară, cuprinse într-un cod etic aprobat e senatul Universităţii, să asigure eficienţa managerială şi a cheltuirii banului public, să asigure transparenţa tuturor deciziilor şi activităţilor sale, conform legislaţiei în vigoare, să respecte libertatea academică a personalului didactic şi de cercetare, precum şi drepturile şi libertăţile studenţilor. În cazul în care nu sînt respectate aceste obligaţii, Ministerul Eucaţiei recurge la suspendarea rectorului, prin ordin de ministru. Pînă la stabilirea unui nou rector, un prorector reprezintă universitatea şi devine ordonator de credite. Alte sancţiuni vizează reducerea sau eliminarea temporară sau definitivă a finanţărilor din surse publice, nerecunoaşterea diplomelor, certificatelor sau a altor acte de studii emise de universităţile în culpă, iniţierea unui proiect de lege de preluare sau fuziune a universităţilor de stat slab oerformante de către cele performante, dar şi iniţierea unui proiect de lege de desfiinţare a universităţii. Guvernul va asigura protecţia intereselor, a drepturilor şi libertăţilor studenţilor, înscrişi legal în instituţiile de învăţămînt superior sancţionate. Carta universitară nu poate să contravină legislaţiei în vigoare. Autonomia universitară şi libertatea academică sînt garantate de lege. Universităţile se organizează şi funcţionează independent de orice ingerinţe ideologice, politice sau religioase, potrivit aceluiaşi act normativ.
Autorizarea şi acreditarea, distincte pentru fiecare formă de studii
Autorizarea provizorie şi acreditarea programelor de studii se realizează distinct pentru fiecare formă de învăţămînt, limbă de predare şi pentru fiecare loc geografic în care se desfăşoară procesul de învăţămînt al instituţiei respective. Ministerul Educaţiei face în noul act normativ precizări clare privind procesul de autorizare şi acreditare, eliminînd astfel lacunele actualului act normativ privind aceste acţiuni. Proiectul de lege stabileşte faptul că un program de studii funcţionează legal dacă este autorizat provizoriu sau acreditat. Durata programelor de studii şi numărul de credite de studii transferabile aferente, pe cicluri, forme de învăţămînt şi domenii, se stabilesc de către Ministerul Educaţiei, la propunerea Consiliului Naţional al Rectorilor, şi se aprobă prin HG. Pentru profesiile reglementate la nivelul UE reglementarea naţională nu poate contraveni celei europene.