Intoleranţa religioasă a devenit una din cauzele majore ale persecuţiilor împotriva minorităţilor în întreaga lume, potrivit raportului anual al organizaţiei Minority Rights Group (MRG). Intensificarea naţionalismului religios, marginalizarea economică a minorităţilor religioase şi abuzurile legislaţiilor antiteroriste alimentează o tendinţă tot mai mare spre persecuţii împotriva minorităţilor religioase. ”Intoleranţa religioasă reprezintă noul rasism. Numeroase comunităţi care au suferit o discriminare rasială timp de decenii sunt în prezent vizate pentru religia lor”, subliniază Mark Lattimer, director al MRG. Comunităţile musulmane din SUA şi Europa au făcut obiectul unui control sporit din partea statului, precum şi al campaniilor grupurilor de dreapta. În Elveţia, un referendum a aprobat în acest an interdicţia construirii de noi minarete, după o campanie a Uniunii Democratice de Centru, un partid de dreapta. În Irak, minorităţile religioase au fost ţinta unor violenţe, inclusiv omoruri, violuri sau răpiri.

În cursul ultimului deceniu, clasificarea pe baze religioase, vizând în principal bărbaţii musulmani sau originari dintr-un stat musulman, a fost utilizată tot mai des de autorităţi în cadrul măsurilor antiteroriste. Astfel, a doua zi după atentatul eşuat de Crăciun din 2009 împotriva unei curse aeriene către Detroit, autorităţile americane au realizat controale intensificate la aeroporturi în cazul cetăţenilor din 14 ţări, dintre care 13 ţări majoritar musulmane. Minorităţile religioase se lovesc şi de legislaţia naţională de înregistrare a religiilor. În Egipt, de exemplu, unde doar religiile musulmane, creştine şi evreieşti sunt recunoscute, membrii minorităţii bahai nu pot obţine acte de identitate, dacă refuză să mintă în legătură cu apartenenţa lor religioasă, iar accesul la numeroase servicii publice le este respins. Din 2001, numeroase ţări, printre care Azerbaidjan, Belarus, Kazahstan, Serbia, Uzbekistan şi Turkmenistan, au introdus sau reformat legi privind înregistrarea religioasă.