Specialitatea neonatologie, care ar fi trebuit să fie asimilată pediatriei conform unui ordin al Ministerului Sănătăţii, nu este o specialitate recunoscută în ţările europene. Medicii neonatologi consideră că sînt discriminaţi în raport cu colegii lor rezidenţi în specialităţi recunoscute, care pot să lucreze în ţările europene. Ei susţin că singurul vinovat în acest caz este Ministerul Sănătăţii (MS). Medicii neonatologi vor ca ordinul din 25 august 2006, prin care neonatologia era asimilată pediatriei, să se aplice imediat, deoarece nu-şi vor putea practica specialitatea în statele UE şi nici nu vor putea beneficia de perfecţionare în clinici din străinătate. În plus, medicii neonatologi susţin că unităţile sanitare vor scoate la concurs doar posturi recunoscute în UE, iar cele ale neonatologilor nu sînt recunoscute. La sfîrşitul lunii august 2006, MS a dat un ordin care stabilea noul nomenclator de specialităţi medicale, medico-dentare şi farmaceutice şi prevedea asimilarea unor specialităţi medicale nerecunoscute automat pe teritoriul UE, printre care şi oncologia medicală, care ar fi trebui să fie asimilată de medicina internă. Astfel, începînd cu sesiunea de rezidenţiat 2006, specialităţile de medicină internă au asimilat specialitatea expertiză medicală a capacităţii de muncă, specialitatea genetică medicală şi specialitatea oncologie medicală. Specialitatea neurologie a asimilat specialitatea neurologie pediatrică, specialitatea ortopedie şi traumatologie au înglobat specialitatea ortopedie pediatrică, iar specialitatea pediatrie a asimilat specialitatea neonatologie. În plus, se stabilea ca medicii confirmaţi specialişti şi primari în specialităţile epidemiologie, expertiză medicală a capacităţii de muncă, genetică medicală, igienă, medicină sportiva, neonatologie, neurologie pediatrică, oncologie medicală şi ortopedie pediatrică să-şi păstreze drepturile cîştigate prin titlul şi gradul profesional dobîndit şi să aibă cu prioritate, acces la formarea în specialitatea de asimilare, ca a doua specialitate fără concurs de rezidenţiat.

Decizia de a modifica Nomenclatorul de specialităţi medicale s-a luat, potrivit ministerului, din necesitatea de a crea o piaţă a muncii care să răspundă cerinţelor UE şi care să dea posibilitatea specialiştilor români ca diplomele pe care le dobîndesc să fie recunoscute automat în statele membre şi, fără alte testări suplimentare, să-şi poată desfăşura activitatea cu calificările dobândite în România. Medicii oncologi s-au plîns de la început că această decizie va duce la scăderea calităţii îngrijirilor de care vor beneficia bolnavii de cancer, în condiţiile în care rezidenţiatul în oncologie de cinci ani, avea să fie redus la un stadiu de pregătire pe module de cîteva luni pe care le puteau face medicii de medicină internă. În plus, în cazul oncologiei medicale, nu era valabilă nici justificarea autorităţilor, deoarece această disciplină, oncologie medicală, există ca disciplină distinctă în ţările UE, nu ca specialitate medicală şi asimilarea sa de către medicina internă nu era justificată. Restul specialităţilor cuprinse în respectivul ordin, căruia medicii oncologi i-au obţinut suspendarea aplicării în instanţă, nu sînt însă recunoscute în UE.