Curtea de Conturi a dezvăluit, într-un raport pe 2012, o serie de nereguli constatate la nivelul entităţilor din subordinea şi/sau coordonarea Ministerului Educaţiei Naţionale (MEN). Astfel, la Inspectoratul Şcolar al Municipiului Bucureşti şi la Universitatea Maritimă Constanţa (UMC), rapoartele spun că nu a fost înregistrată în evidenţa contabilă valoarea terenurilor aparţinând domeniului public al statului, aflate în administrarea unităţilor de învăţământ, în valoare de 339.000 lei. Rectorul UMC, prof. univ. dr. Violeta Ciucur, a confirmat că a primit raportul şi urmează să-l analizeze. Totodată, UMC figurează în raport, alături de Universitatea Oradea, Universitatea „1 Decembrie 1918” Alba Iulia, Universitatea „Lucian Blaga” Sibiu şi Universitatea Petrol şi Gaze Ploieşti, cu suma de 356.000 lei care a fost înregistrată eronat în conturile de cheltuieli. Analiza Curţii de Conturi arată că Universitatea „Ovidius” Constanţa nu a înregistrat în evidenţa contabilă suma de 25.789.000 lei, reprezentând valoarea activelor puse în funcţiune, potrivit proceselor-verbale de recepţie a lucrărilor de investiţii. Rectorul interimar de la „Ovidius”, prof. univ. Ion Bordeianu, a declarat că, deocamdată, instituţia nu a primit niciun raport al Curţii de Conturi. Şi la Universitatea „Lucian Blaga” din Sibiu nu au fost înregistraţi în evidenţa contabilă 23.000 lei, reprezentând valoarea unor active necorporale rezultate din activitatea de cercetare şi dezvoltare.

Instituţia de control a mai constatat şi că MEN deţinea, la 31 decembrie 2012, un cont la Banca Comercială Română, cu un sold de 240 mii lei, deşi reglementările în vigoare interzic instituţiilor publice să efectueze operaţiunile de încasări şi plăţi prin instituţii de credit, cu excepţia încasărilor şi a plăţilor efectuate în valută.