Relaţia cu Patriarhia Ierusalimului a fost reluată, cele două biserici au semnat o înţelegere privind Aşezământul Românesc de la Ierihon, considerat ca fiind un cămin pentru pelerinii ortodocşi români care vizitează Ţara Sfântă, iar PF Teofil a acceptat să facă o vizită în România în luna octombrie. O delegaţie a Patriarhiei Române s-a întâlnit la Ierusalim, în perioada 20-21 februarie, cu o delegaţie a Patriarhiei Ierusalimului, pentru rezolvarea problemei legate de Aşezământul Românesc de la Ierihon. Cele două delegaţii au redactat împreună un document, care a primit binecuvântarea Preafericitului Părinte Patriarh Teofil al Ierusalimului şi a Preafericitului Părinte Patriarh Daniel al României, prin care s-a ajuns la restabilirea comuniunii frăţeşti şi euharistice între cele două Biserici. Această lucrare binecuvântată constituie o contribuţie la întărirea unităţii panortodoxe. Delegaţia Patriarhiei Române a fost alcătuită din IPS Mitropolitul Nifon, arhiepiscopul Târgoviştei şi exarh patriarhal, Viorel Ioniţă, consilier patriarhal onorific şi Michael Tiţa, consilier patriarhal pentru relaţii bisericeşti şi interreligioase.

Patriarhia Ierusalimului anunţa, pe 9 mai 2012, că a rupt relaţiile cu Biserica Ortodoxă Română, din cauza Aşezământul românesc de la Ierihon. Patriarhul Bisericii Ortodoxe Române spunea, în septembrie 2011, când l-a primit în audienţă, la Reşedinţa patriarhală, pe ambasadorul Israelului la Bucureşti, Dan Ben-Eliezer, că relaţiile cu Patriarhia Ierusalimului se vor ameliora prin dialog bilateral. PF Daniel menţiona atunci faptul că pelerinajele organizate de către Patriarhia Română în Israel şi alte ţări ale Orientului Mijlociu s-au intensificat în ultimii ani, astfel încât numeroşi pelerini ortodocşi români au posibilitatea să se închine la Locurile Sfinte şi să cunoască mai bine tradiţia biblică, precum şi valorile spirituale comune.