Marea Cameră a Curţii Europene de la Strasbourg a fost sesizată de Guvernul român în legătură cu înfiinţarea sindicatului clericilor \"Păstorul cel bun\", contestat de Biserica Ortodoxă Română (BOR), întrucât \"preoţii nu au dreptul să se angajeze în politică partinică\". În 31 ianuarie 2012, cu cinci voturi \"pentru\" şi două \"împotrivă\", judecătorii Curţii Europeane a Drepturilor Omului (CEDO) au dat câştig de cauză sindicatului preoţilor din Mitropolia Olteniei - \"Păstorul cel bun\" - privind dreptul clericilor la libera asociere în sindicate. Concret, CEDO a stabilit că a existat o încălcare a articolului 11 din Convenţia Europeană privind dreptul la libera asociere. Guvernul de la Bucureşti a solicitat reanalizarea cauzei de către Marea Cameră a Curţii Europene. În 19 iulie 2012, Curtea a acceptat trimiterea cazului \"Păstorul cel bun\" în faţa Marii Camere, pentru analiză. Patriarhia Română solicitase Executivului să conteste hotărârea dată de CEDO de la Strasbourg. \"Patriarhia Română a luat cunoştinţă cu uimire de hotărârea în primă instanţă a completului de judecători din cadrul secţiei a III-a a Curţii Europene a Drepturilor Omului (CEDO) în cauza autointitulatului sindicat al preoţilor din Mitropolia Olteniei “Păstorul cel bun” contra României având ca obiect dreptul clericilor la libera asociere în organizaţii de tip sindical. Studiind cu atenţie această hotărâre, Patriarhia Română constată mai multe probleme\", preciza Patriarhia, într-un comunicat de presă remis la 1 februarie 2012 agenţiei Mediafax. Potrivit Patriarhiei, este vorba despre \"cunoaşterea trunchiată (insuficientă)\" de către CEDO a specificului relaţiilor dintre stat şi culte în România şi ignorarea prevederilor Constituţiei României, a Legii Cultelor privind libertatea religioasă şi regimul general al cultelor din România şi a Statutului pentru organizarea şi funcţionarea Bisericii Ortodoxe Române recunoscut prin Hotărârea de Guvern 53/2008, care enunţă cu claritate autonomia şi libertatea bisericii faţă de stat.

În opinia Patriarhiei, s-a produs o confuzie între specificul vocaţional al preoţiei, care este chemare la misiune sfântă prin actul hirotoniei sau slujire liber asumată a comunităţilor de credincioşi, pe de o parte, şi raporturile de muncă specifice angajaţilor civili, pe de altă parte. Patriarhia consideră că este total eronată afirmaţia din hotărârea CEDO potrivit căreia statutul aşa-numitului sindicat nu ar contraveni prin nimic Statutului Bisericii Ortodoxe Române, Legii cultelor şi canoanelor. În realitate, \"sindicatul are obiective total incompatibile cu slujirea sacramentală şi pastorală a preoţilor, şi anume organizarea de mitinguri, demonstraţii şi greve, menţiune care contravine statutului recunoscut cultelor de către statul român de factori ai păcii sociale privind libertatea religioasă şi regimul general al cultelor\". De asemenea, statutul sindicatelelor prevede respectarea prevederilor legale privind concediile de odihnă şi sărbătorile legale. În cazul clericilor, aceste zile nu pot fi libere, întrucât zilele de sâmbătă şi duminică, prima şi a doua zi de sărbătorile Sfintelor Paşti, Naşterii Domnului şi Rusaliilor, precum şi în alte sărbători legale care coincid cu sărbătorile religioase ar fi zile libere pentru clericii membri ai sindicatului, \"când tocmai atunci credincioşii sunt în număr mai mare prezenţi la biserică\", a adăugat Patriarhia.