În ciuda controverselor legate de publicarea subiectelor de la bacalaureat pe internet, metodologia pe 2009 de organizare şi desfăşurare a examenului prevede ca şi anul viitor subiectele să fie făcute publice. Potrivit consilierului ministrului Educaţiei, Mihaela Suciu, s-a ajuns la această decizie „întrucît rezultatele la bacalaureat au dovedit că importantă este securitatea examenului şi conştiinţa celor implicaţi”. Consilierul Ministerului Educaţiei a precizat că promovabilitatea la examenul de bacalaureat din 2008 a fost similară cu cea din anii trecuţi, ceea ce dovedeşte că rezultatele nu au fost influenţate substanţial de postarea subiectelor pe internet. La sfîrşitul lunii iulie, ministrul Educaţiei, Cristian Adomniţei, declara că este dispus să scoată subiectele de bacalaureat de pe internet, dar că doreşte să afle şi părerea părinţilor şi a elevilor referitor la acest lucru. În acest sens a fost organizată o dezbatere publică ale cărei rezultate au demonstrat ceea ce era oricum evident: se doreşte ca subiectele de la bacalaureat să fie publicate în continuare pe internet. După aflarea voinţei poporului, reprezentanţii MECT au finalizat metodologia de organizare şi desfăşurare a examenului de bacalaureat din 2009. Potrivit acesteia, Centrul Naţional pentru Curriculum şi Evaluare în Învăţămîntul Preuniversitar va posta pe site-ul ministerului, pe 30 noiembrie 2008, structura subiectelor pentru probele scrise şi a biletelor pentru probele orale, precum şi precizările metodologice referitoare la cerinţe şi la modalităţile de evaluare ale acestora. Ministerul Educaţiei a finalizat şi metodologia de organizare şi desfăşurare a tezelor cu subiect unic pentru clasele a VII-a şi a VIII-a în anul şcolar 2008-2009. Aceasta prevede că elevii vor fi aşezaţi cîte unul în bancă, în ordine alfabetică, pe clase, şi nu pe unitatea şcolară, conform unei listei nominale afişate. Fiecare lucrare va fi corectată de doi profesori: unul dintre aceştia este profesorul de specialitate care a predat la clasă (care va corecta lucrările în şcoală), iar celălalt, un profesor evaluator din centrul de evaluare. De asemenea, lucrările care iniţial au primit note finale cuprinse între 4,50 şi 4,99, inclusiv notele de 4,50 şi 4,99 sau o notă finală cel puţin egală cu 9,50, vor primi nota definitivă acordată de comisia de contestaţii. Metodologia prevede că vor fi sancţionate persoanele implicate în organizarea şi desfăşurarea tezelor cu subiect unic care, în perioada acestora, comit fapte cu caracter infracţional şi vor fi sancţionaţi şi profesorii care corectează neglijent lucrările, înregistrînd diferenţe mai mari de 1,5 puncte.