Premierul turc, Recep Tayyip Erdogan, a declarat că Turcia a închis spaţiul aerian avioanelor israeliene, încă de la raidul contra flotilei pro-palestiniene, din 31 mai, deşi statul evreu susţine că nu a primit nicio notificare în acest sens. Erdogan a făcut aceste declaraţii la Toronto, unde a participat la summit-ul G20, însă nu a oferit detalii despre această decizie. Ministerul israelian al Transporturilor şi Autoritatea Aviaţiei Civile din Israel susţin că nu au fost informate de Turcia în legătură cu decizia închiderii spaţiului aerian. În plus, avioanele de pasageri israeliene continuă să traverseze Turcia în condiţii normale. Potrivit presei israeliene, Turcia a interzis trecerea prin spaţiul său aerian a unui avion israelian care transporta militari spre Polonia, unde urmau să viziteze locaţiile fostelor lagăre de concentrare naziste. La bordul avionului militar israelian se aflau peste 100 de ofiţeri care urmau să viziteze mai multe foste lagăre de concentrare, inclusiv cel de la Auschwitz, în cadrul unei campanii în memoria victimelor Holocaustului.

Relaţiile dintre Israel şi Turcia, foşti aliaţi strategici, au început să se deterioreze din cauza operaţiunii israeliene din Fâşia Gaza, în perioada decembrie 2008 - ianuarie 2009, devenind tensionate după raidul israelian din 31 mai, împotriva flotilei umanitare care se îndrepta spre teritoriul palestinian. În operaţiunea care a vizat în principal un feribot turc au murit nouă cetăţeni turci.