Taxa pe valoarea adăugată aferentă proiectelor din transporturi nu va mai reprezenta o cheltuială eligibilă restituită din surse comunitare, ci va fi acoperită din nou de la buget, Guvernul temându-se că, fără această decizie, va pierde din banii UE pentru lucrări şi va fi obligat să anuleze contracte. În luna noiembrie a anului trecut, fostul Guvern a decis că taxa pe valoarea adăugată aferentă proiectelor UE va fi declarată, începând cu acest an, drept cheltuială eligibilă suportată din fonduri comunitare, decizie valabilă pentru toate contractele din cadrul programelor operaţionale finanţate din instrumente structurale şi încheiate după 1 ianuarie 2012. La acel moment, ministrul Afacerilor Europene, Leonard Orban, a atenţionat că, atunci când TVA devine eligibilă dintr-un buget deja stabilit, dimensiunea programelor se micşorează şi numărul proiectelor susţinute din fonduri comunitare este redus şi a arătat că sistemul ar putea fi modificat ulterior prin introducerea unor excepţii. Pornind de la acelaşi considerent, respectiv al riscului ca pentru unele proiecte să nu mai poată fi asigurată întreaga finanţare deoarece o parte din fondurile UE trebuie direcţionate către rambursarea TVA în loc să fie alocate lucrărilor efective, noul Cabinet a pregătit un act normativ prin care TVA va fi considerată din nou cheltuială neeligibilă pentru proiectele din Programul Operaţional Sectorial Transport.

Restituirea taxei pe valoarea adăugată de la buget şi nu din fonduri comunitare în cazul acestui program poate crea statului un avantaj prin perioada mai scurtă de rambursare a banilor UE faţă de termenul de restituire a TVA deja plătită de către firma care a executat lucrarea şi prin reducerea gradului de risc în ceea ce priveşte identificarea unor nereguli de către experţii europeni în facturile înaintate de autorităţile române la Bruxelles spre rambursare. POS-Transport este finanţat din Fondul de Coeziune, pentru construcţia de autostrăzi şi reabilitarea infrastructurii de cale ferată pe Coridorul Pan-European IV), şi din Fondul European de Dezvoltare Regională (FEDR) pentru reabilitări de drumuri naţionale şi infrastructura portuară. Pentru acest an, valoarea TVA de restituit din surse comunitare pentru POS-Transport este estimată la circa 60 milioane euro, în timp ce fondurile UE care ar trebui solicitate în acest an spre rambursare în cadrul programului se ridică la 455 milioane euro, din care 288 milioane euro din Fondul de Coeziune şi 167 milioane euro din FEDR.