Papa Benedict al XVI-lea l-a numit pe Kazimierz Nycz în postul de arhiepiscop al Varşoviei, în locul lui Stanislaw Wielgus, nevoit să demisioneze după ce a recunoscut că a spionat pentru fosta poliţie comunistă. În vîrsta de 57 de ani, Kazimierz Nycz a fost, începînd din 2004, episcop al oraşului polonez Koszalin-Kolobrzeb, situat pe litoralul baltic .

Stanislaw Wielgus şi-a anunţat demisia în data de 7 ianuarie, în timpul ceremoniei în cursul căreia ar fi urmat să fie învestit în funcţie. Incidentul a provocat un scandal de proporţii în interiorul Bisericii Catolice Poloneze şi a pus Vaticanul într-o situaţie dificila. Episcopul Wielgus a prezentat scuze pentru actele sale şi a recunoscut că, prin acestea, a afectat Biserica. Acesta a fost acuzat că i-a spionat pe colegii săi preoţi, dintre care mulţi au luptat împotriva regimului comunist.

În luna februarie, un judecător a decis să îi acorde lui Stanislaw Wielgus posibilitatea de a se disculpa, după ce acesta a cerut unui Tribunal special să analizeze cazul său, afirmînd că a fost şantajat şi hărţuit de agenţii poliţiei secrete, pentru a fi convins să colaboreze. Astfel, acesta s-a alăturat mai multor oficiali guvernamentali care au recurs la Tribunalul Special pentru a fi exoneraţi, după venirea la putere a premierului Jaroslaw Kaczynski, care a lansat o campanie de eliminare din viaţa publică a foştilor comunişti şi a colaboratorilor poliţiei politice comuniste.

Problemele lui Stanislaw Wielgus nu se opresc numai la acuzaţia de colaborare cu poliţia politică. Episcopul este acuzat că a tolerat, în fosta sa dioceză, cazuri de hărţuire sexuală a tinerilor seminarişti de către preoţi. Cotidianul polonez de dreapta "Rzeczpospolita" a titrat că mai mulţi preoţi din dioceza Plock sînt acuzaţi de hărţuire sexuală şi violuri. Ziarul a citat surse care afirmă, sub acoperirea anonimatului, că Stanislaw Wielgus, precum şi alţi prelaţi, erau la curent cu această situaţie, căreia însă nu i-au acordat importanţa cuvenită. În 2002, dezvăluirile făcute de acelaşi ziar au condus la demisia lui Juliusz Paetz, arhiepiscop de Poznan, acuzat de hărţuire sexuală a studenţilor.